Malena crkva sv. Trojstva sagrađena je u vrijeme kada je Šišan bio bogato i utjecajno mjesto.
Crkva je jednobrodna, što znači da njena unutrašnjost nije razdijeljena stupovima ili zidovima. Na zaglavnom kamenu vidi se reljef koji prikazuje Raspeće s Djevicom Marijom i sv. Ivanom Evanđelistom u podnožju. Crkva je vjerojatno cijela bila oslikana.
Majstori graditelji sastavili su crkvu od pravilno klesanog kamenja i ploča s diskretnim reljefima križeva. Na jednom kamenu u medaljonu isklesani su križ i dva sitna stabla – to je stari kršćanski simbol Krista (križ) i raja (stilizirana stabalca ispod poprečne grede križa). U crkvi se u 16. st. nalazilo lijepo drveno raspelo s figurom Raspetog koje se danas nalazi u župnoj crkvi.
Svećenik je služio misu u apsidi kvadratnog tlocrt koja ima vlastiti šiljasti svod, za oltarom čije je podnožje sastavljeno od razlomljenog poklopca antičkog sarkofaga. To nije rijetkost – u oltare u Istri često se ugrađuju ulomci antičke skulpture. Simbolička je to pobjeda kršćanstva nad poganstvom.
Crkvu sv. Trojstva održavala je u 17. st. bratovština flagelanata. Pripadnici flagelantskog pokreta bičevali su se do krvi kako bi ponovili Kristovu patnju i tako se iskupili od grijeha. Flagelanti su bili pripadnici svećenici i obični vjernici. Bičevali su se u mjesnim povorkama, svake nedjelje ili o posebnim vjerskim praznicima, kada bi se uprizorilo javno mučenje. Isprva su flagelanti proganjani kao heretici. Kasnije su ih poticali izvjesni crkveni redovi pa se u Italiji i austrijskim zemljama zadržavaju do kraja 19. stoljeća.
Iznad apside sada je prazan prostor ukrašen novijim skulpturama, no crkva je izvorno morala imati ukrašeni strop, a ne otvoreno krovište kao sada. Tijekom posljednjeg popravka crkva je povišena. Tom prilikom obijeljen je posljednji ostatak zidnog slikarstva u crkvi – posvetni križ s glagoljskim natpisom.
mr.sc. Sunčica Mustač, kustos i konzervator


