Biološka raznolikost morskog ekosustava općine nimalo ne zaostaje za onom kopnenom.

U plavim dubinama skrivene su biocenoze koje čekaju da budu posjećene; šarolikost koraligena na podvodnim zidovima obiluje crvenim algama, raznobojnim spužvama, rakovima i mekim koraljima. Polutamne špilje i prolazi zovu u svoje labirinte prolaza i podvodnih odaja. Tu su još i zelene livade dobro očuvane morske cvjetnice posidonije (Posidonia oceanica), sredozemnog endema. Njene livade predstavljaju pluća mora, jer obogaćuju more kisikom koji proizvode. U njima živi, razmnožava se, lovi i skriva nekoliko stotina vrsta algi i životinja. Svojim dugim listovima ublažava nalet valova na obalu pa tako sprječava eroziju obale, dok svojim korijenjem veže sediment te sprječava njegovo odnošenje.

Najveća podvodna atrakcija ližnjanskog podmorja je olupina "Cesare Rossarol", talijanski laki izviđač koji privlači brojne tehničke ronioce. Dužine 85 m i širine 8 m, danas leži na dubini od 50 m u blizini rta Munat Veliki. Potonuo je tamo 1918. godine naletivši na podvodnu sidrenu minu čija ga je snažna eksplozija prepolovila na dva dijela.

Na južnoj strani prolaza u uvalu Kuje, nalazi se rt Uljeva (Punta Uliva), a ispred njega prostrani hridinasti teren s bezbrojnim stijenama koje se na toj lokaciji uzdižu s 5 m dubine gotovo sve do površine mora, pa su te opasne pličine bile uzrok nasukavanja trgovačkih brodova još iz rimskog doba. Danas ta lokacija obiluje usitnjenim ostacima rimskih amfora koji već stoljećima spavaju u škrapama i rupama između hridi. Važno je napomenuti da se ovi ostaci nalaze na listi preventivno zaštićenih kulturnih dobara Republike Hrvatske. Ronioci često kreću u potragu i za tragovima antičke vile Giulia Frontona za koju se vjeruje da je postojala na ovome mjestu.

Najbolje ronilačke lokacije: rt Cuf, rt Sv. Stipan, hrid Sika, svjetionik Marlera, Punta Uljeva,  olupina Cesare Rossarol. Iste su dostupne putem organiziranih izleta lokalnog ronilačkog centra Bura Bora.